Définition: La classification scientifique ou biologique des espèces est un système de trie et de classement des organismes vivants selon certains critères. En principe, elle est internationale et établie en latin . Ce classement concerne les animaux (le règne animal), mais également les végétaux, les champignons et les espèces microscopiques telles que les bactéries. La classification se fait à la manière d'un arbre, dont le tronc serait l'ensemble des organismes vivants, et dont les extrémités des branches seraient les différentes espèces. En un premier temps, (pour le classification traditionnelle) les animaux étaient classés selon leur liens de parenté et leur degrés de ressemblance. Au fur et à mesure des découvertes des scientifiques, la manière dont se fait le classement évolue sans arrêt. De nos jour, et avec les progrès de la génétique, on utilise une nouvelle classification, dite phylogénétique (qui prend en compte l'ADN).

I. La classification scientifique traditionnelle des espèces (issue de celle de Carl Von Linné):
Carl von Linné: Naturaliste suédois (1707-1778): il a répertorié, nommé et classé de manière systématique l'essentiel des espèces vivantes connues à son époque en s'appuyant sur ses propres observations comme sur celles de son réseau de correspondants. La nomenclature qu'il établit alors, et la hiérarchisation des classifications en Règne, Embranchement; classe, Ordre, Famille, Genre et espèce. Cette classification s'impose au XIXe siècle comme la nomenclature standard, elle est toujours d'actualité, même si la génétique a bouleversé quelques arrangements.

Notion d’espèce:
- a. Des animaux ou des végétaux sont d’une même espèce s’ils se ressemblent (critère de similitude), s’ils peuvent se reproduire
entre eux et si leurs petits sont fertiles (critère d’interfécondité).
A titre expérimental, des hybridations interspécifiques sont obtenues avec des espèces proches (même Genre mais espèce différente) du point de vue évolutif, mais les
descendants sont stériles : tigron, mulet…)

- b. Il existe des variations individuelles à l’intérieur d’une espèce
* Notion de races et de variété chez les animaux domestiques, on parle de sous espèces pour les animaux sauvages.

- c. Chaque espèce a un double nom qui forme le nom scientifique de l'espèce, appellation internationale:
* Nom de Genre+ nom d’espèce= nom scientifique (Homme: du Genre Homo et de l'espèce sapiens a pour nom scientifique = Homo sapiens).

Note: Pour l’orthographe, seul le nom d'espèce commence avec une lettre minuscule

* Nom commun ou vernaculaire: C'est le nom utilisé dans un pays ; comme lapin (pour la France) et Rabbit (pour les Anglais); son nom scientifique et Oryctolagus cuniculus (pour les scientifiques de tous les pays).
Le classement traditionnel des espèces est surtout basé sur la présence (ou l’absence) d’un caractère morphologique.
Le classement repose sur une hiérarchie fixe qui va du règne en passant par l’embranchement, la classe, l’ordre, la famille, jusqu’au genre et l’espèce.

Pour les scientifiques, et au même titre que la souri, l'Homme est un animal vertébré qui fait partie de la classe des mammifères. Le Bonobo, l'orang-outan, le chimpanzé, et le gorille partage avec l'Homme la même famille des Hominidés.

Le monde vivant est séparé en cinq règnes :
* les procaryotes (bactéries et archéobactéries) ;
* les protistes (eucaryotes unicellulaires) ;
* les champignons (eucaryotes multicellulaires) ;
* les végétaux (eucaryotes multicellulaires) ;
* les animaux (eucaryotes multicellulaires).
Les procaryotes sont unicellulaires, et leur matériel génétique n'est pas enfermé dans un noyau. Ils constituent le premier règne.
Tous les autres organismes sont appelés des eucaryotes. Leur matériel génétique est enfermé dans un noyau;
Les eucaryotes peuvent être unicellulaires ou pluricellulaires. Les eucaryotes unicellulaires sont appelés des protistes et constituent le second règne.
les eucaryotes pluricellulaires sont divisés en 3 règnes, les champignons, les métaphytes (végétaux chlorophylliens) et les métazoaires (animaux pluricellulaires).

Un procaryote (du latin pro, « avant », et du grec karyon, « noyau »)
Un eukaryote (du grec eu, vrai, propre et karyon, noyau)

II. La classification scientifique phylogénétique (ou classification moderne):

C'est un nouveau système de classification systématique des êtres vivants (1950, Willy Hennig, entomologiste allemand), qui pourrait, à plus ou moins long terme, remplacer la classification traditionnelle.
Autrefois on pensait l’évolution des espèces grâce à l’anatomie comparée et à la paléontologie mais récemment ces deux disciplines ont été complétées par les apports de la génétique et biologie moléculaire : la systémique moderne.

Une espèce se forme toujours à partir d’une autre, plus ancienne. Toutes ont donc des liens de parenté. Cela a conduit à voir l’évolution du vivant comme une évolution buissonnante où le présent correspond aux extrémités des rameaux et non comme une évolution linéaire. Certains rameaux, atrophiés, correspondent aux espèces fossiles.

La classification traditionnelle en cinq règnes a été ramenée à trois domaines:

Les eubactéries sont des organismes unicellulaires à structure procaryote (leur matériel génétique n'est pas enfermé dans un noyau).
Les archées sont des organismes unicellulaires à structure procaryote. Ils possèdent une paroi cellulaire constituée de lipides spécifiques. D'un point de vue écologique, ce sont souvent (mais pas toujours) des extrémophiles.
Les eucaryotes peuvent être unicellulaires ou multicellulaires. Leur matériel génétique est enfermé dans un noyau délimité par une membrane ; l'ADN est divisé en chromosomes et ils présentent une reproduction de type sexuée.

La génétique bouleverse la classification traditionnelle: Les oiseaux sont les plus proche parents des crocodiliens et des tortues (et des dinosaures), l’hippopotame est parenté avec les baleines..